食用菌的主要質量安全問題，只有重金屬和農殘超標兩個問題。重金屬超標主要來自使用了重金屬污染農田種植的作物秸稈和污染水源，農殘超標主要來自病蟲害控制不力導致不合理的化學防治。然而，在生產實踐中，這種情況發生很少，因為我國農田污染并沒有那么嚴重，沒有那么多的污染農田秸稈用于食用菌栽培；在食用菌生產中也幾乎無人直接在菇體上使用農藥。
所以，食用菌的生產全過程都是非常安全的。造成食用菌的質量安全問題更多的是流通環節中的違規和違法，如：不法商販使用非飲用水浸泡菇體增重導致重金屬超標；為了保鮮和改善賣相，違規使用熒光增白劑漂洗白色的食用菌。
提高食用菌質量安全措施
1.質量高于產量。從長遠和高度上來講，我國食用菌產業正從數量擴張期向質量提升期轉變。順應市場提高質量要求強烈、數量增長空間漸小的趨勢，生產單位和種植戶減少用于擴大規模的資金投入，應將發展資金投入到提高生產質量、改善生產設施條件上來，要走綠色產業路線，逐漸走上標準化、設施化、工廠化、綠色無公害道路，以少勝多、以強勝弱、以優勝劣。發展食用菌工廠化生產，能提高食用菌產品品質、解決產品周年均衡供應、拉動食用菌餐桌經濟，從而提升我國食用菌產業的發展水平。
2.強化加工企業的主體責任。落實企業主體責任，加強行業自律，嚴格對原料收購、加工、經營的管理，建立健全產品質量追溯源制度和質量責任追究制度，進一步規范食用菌生產加工行為，嚴格按照行業標準和國家標準進行添加添加劑。
3.加大食用菌產品安全監管力度。
（1）強化投入品監管。建立完善的投入品準入制度，對進入產地的農藥和食用菌投入品全部進行登記和清查，公布禁用農藥名單和推薦藥品名單，對假、冒、偽、劣等不合格投入品堅決清除市場。
（2）加大抽查檢測力度。對食用菌產前、產中、產后等各個環節加大檢測力度，確保食用菌產品及其加工產品質量安全。對于出口食用菌產品，采取企業自檢、檢測站抽檢、出入境檢驗檢疫局核檢相結合的方式，做到每個環節都嚴格把關，確保產品質量安全，堅決杜絕問題產品上市銷售。
冠宇儀器食品安全檢測儀系列：食品安全檢測儀 農藥殘留檢測儀 重金屬檢測儀等可以針對食用菌的重金屬、農藥殘留、不良添加等多種食品安全問題進行檢測，有效快速準確。適用于食品監測中心、食品生產加工自查、食品貿易、市場自檢、工商質監部門用于市場快速篩查等。同時也可為食藥監系統、農業系統、畜牧系統、漁業系統、食品企業等提供專業的檢測產品、先進的技術支持和高效的整體解決方案。
4.建立健全預警通報與應急體系。地方政府能根據產業監控監測結果和質量安全狀況，定期開展風險評估，對農獸藥殘留等重大質量安全隱患及時發布預警通報，提出整改方案并采取相應糾偏措施。建立食用菌質量安全事件應急處理機制，對重大突發事件能及時啟動應急處置預案。
5.建立產品質量可追溯體系。現在通過農業物聯網在食用菌生產中的應用，可準確的監測種植環境，并對環境參數的波動進行預警，同時可隨時追溯歷史記錄。做到輸入或掃入編碼即可查清生產企業或基地生產者，一旦出現問題，可以逐級溯源問責。
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