真菌毒素往往滲入食物內部，看不見、摸不著，又普遍耐高溫，煎、炒、烹、炸無法去除。因此防止真菌毒素危害，首先要防止食物的霉變。
1、在正規的食品市場購買新鮮、保質期內的食品，避免購買長時間貯存的食物；
2、食物貯存使用抽真空或充氮氣等方法，因為霉菌是喜好氧氣的微生物，在厭氧條件幾乎不能生長；
3、盡量購買小包裝的食物；
4、食物貯存時要注意通風，因為霉菌喜歡溫暖、潮濕的環境，通風可以使食物干燥，降低食物的溫度，防止霉菌的生長和產毒。
5、利用儀器檢測，冠宇儀器生產的真菌毒素檢測儀能夠快速定量檢測糧食、飼料、谷物、食用油、調味品等食品中黃曲霉毒素、T2毒素、嘔吐毒素、赭曲霉毒素、伏馬毒素、玉米赤霉烯酮，適用于糧油監測中心、糧油飼料生產加工、食品加工貿易、畜禽養殖戶自查、工商質監部門用于市場快速篩查等。
同時我國的強制性基礎標準《食品安全國家標準 食品中真菌毒素限量》（GB 2761）中，規定了人們常吃的食物中，對人體危害較大的真菌毒素（黃曲霉毒素B1、黃曲霉毒素M1、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、展青霉素、赭曲霉毒素A及玉米赤霉烯酮）的限量值。同時嚴格要求，食品生產和加工者要采取控制措施，使食品中真菌毒素的含量達到最低水平。
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